Jakob Wagner studierte Klassische Gitarre, Anglistik und Amerikanistik in Augsburg, Düsseldorf und Paris in den Klassen der Professoren Takeo Sato, Alexander-Sergei Ramirez, Gérard Abiton und Joaquín Clerch. Er komplettiert seine Ausbildung durch regelmäßige Meisterkurse bei Marco Tamayo, Ricardo Gallen, Carlo Marchione, Franz Halasz, Judicaël Perroy und Anthony Spiri.
Er ist Jugend Musiziert-Bundespreisträger, Stipendiat der Yehudi-Menuhin-Stiftung und des Richard- Wagner-Verbandes. Außerdem ist er Träger des PROMOS-Stipendiums, des Deutschlandstipendiums und erhielt 2018 das Stipendium des Kollegs für Kunst und Musik in Montepulciano.
Jakob Wagner ist Preisträger nationaler und internationaler Wettbewerbe und konzertiert solistisch und kammermusikalisch, unter anderem mit Sophia Aretz (Flöte) im Ensemble Elysion.
Für die Spielzeit 2016/17 erhielt er ein Engagement am Düsseldorfer Schauspielhaus und im Juni 2017 den Jurypreis als Hauptdarsteller im Kurzfilmwettbewerb 24h to take mit dem Film Synonym für normal (Sercombe/Röski, 2017).
Seit 2018 realisiert er in Zusammenarbeit mit dem Künstlerkollektiv projek.il interdisziplinäre Projekte mit dem Fokus auf der Verbindung von Text und Musik. 2019 erhielt er den Kulturförderpreis des Landkreises Starnberg.
