Gunter Pretzel studierte Violine und Viola in Hamburg und Berlin. Er wurde Solobratscher des Münchner Kammerorchesters, seit 1984 ist er Mitglied der Münchner Philharmoniker. Er ist langjähriges Mitglied des Debussy-Trio München, für dessen Besetzung er zahlreiche Werke bearbeitete.
Er ist Initiator und Leiter des Ensembles „bracc!“, einer unkonventionellen Formation mit acht Mitgliedern der Bratschengruppe der Münchner Philharmoniker und Klavier, deren Repertoire ausschließlich aus seinen Arrangements und Kompositionen besteht.
Sein besonderes Interesse gilt der Neuen, vor allem aber auch der freien improvisierten Musik. Mehrere Werke wurden für ihn komponiert, eine enge künstlerische Zusammenarbeit verbindet ihn mit der Komponistin Helga Pogatschar. Mit der Gründung des „Pelaar-Quartetts“ hat er sich in diesem Jahr zum Ziel gesetzt, Neue Musik der Region besonders zu fördern.
Seit 2012 verbindet ihn eine fruchtbare künstlerische Freundschaft mit der Bratschistin Charlotte Walterspiel. Im Januar 2014 leitete er mit ihr gemeinsam ein Symposium zum Thema „Zusammenspiel: Musik ist Kommunikation“, veranstaltet von den Münchner Philharmonikern, der LH München und der VHS München. Gäste waren prominente Musiker, Wissenschaftler und Manager. Das nächste Symposium wird der „Intuition“ in der Musik gewidmet sein.
Die Arbeit von Gunter Pretzel ist auf zahlreichen CD-Veröffentlichungen dokumentiert.